Microbiote cutané

Le microbiote correspond à l'ensemble des micro-organismes présents à la surface de la peau.

Généralités

• Le corps humain est recouvert de très nombreux micro-organismes de façon naturelle. On considère que chaque cm² de peau humaine héberge 10⁶.

• Ces micro-organismes vivent en symbiose avec leur hôte humain et forme le microbiote cutané.

Flore bactérienne cutanée

• Les micro-organismes qui forment le microbiome cutané sont présents à la superficie de la peau, sur le Stratum corneum, , sur la partie supérieure des follicules pileux et dans les conduits des glandes sébacées.

• Les bactéries peuvent également coloniser des sites que l'on supposait stériles comme le derme ou l'hypoderme.

• Les techniques d'identification moléculaire ont révélé une diversité d'espèces plus importante que celles mises en évidence par les techniques classiques.

• On distingue deux types de flore: la flore résidente et le flore transitoire

Flore cutanée résidente

• La flore résidente est aussi appelée commensale, c'est à dire, vivant aux dépens de l'hôte sans lui causer de dommage.

• Les espèces Gram positif prédominent dans cette flore:

- les staphylocoques

- les bactéries coryneformes aérobies (Coynébacterium spp.)

- les bactéries coryneformes anaérobies ( Propionobacterium spp.)

• Parmi les staphylocoques à coagulases négative qui sont les espèces les plus représentés dans cette flore résidente on trouve:

- S. epidermidis qui colonise surtout la face, les narines et le creux axillaire

- S. hominis isolé le plus souvent dans le creux axillaire, le creux poplité et le pli inguinal

- S. haemolyticus, sur les bras, les jambes et les espaces interdigitaux

• D'autres micro-organismes participent à la composition de la flore résidente:

- des champignons sous forme mycélienne comme Malssezia

- des bacilles Gram négatif comme Acinetobacter

- des acariens comme les Demodex

- des virus de type papillomavirus

Flore cutanée transitoire

• On parle également de flore saprophyte: les germes de cette flore ne sont pas adaptés au conditions de vie habituelle de la peau et colonisent la peau de façon transitoire.

- Ces germes saprophytes se nourrissent de matières organiques en décomposition provenant de l'environnement.

- Leur développement est bloqué par les germes de la flore résidente

• Ces germes colonisent surtout les parties découvertes et proviennent de l'extérieur ( environnement/ surfaces de la maison / soins...) ou d'autres flores commensales comme les flores digestives ou génitales.

• Leur présence sur la peau peut être plus durable selon les conditions écologiques locales de pH, de chaleur, d'humidité mais également en présence d'une effraction cutanée et d'une plaie.

• On trouve dans cette flore:

- des bacilles Gram positif: Staphylocoque aureus / Streptocoques / Bacillus / Neisseria

- des bacilles Gram négatif: Pseudomonas...

- des levures: Candida( albicans ou parapsilopsis )

Variation de la composition de la flore cutanée

• Des facteurs liés à l'hôte ou des facteurs environnementaux peuvent provoquer une variation de la composition et de la diversité bactérienne à la surface de la peau.

• Il faut savoir qu'il existe une grande variation inter individuelle: bien que sur chaque zone cutanée le microbiote cutanée soit relativement stable dans le temps chez la même personne, les espèces bactériennes peuvent varier considérablement entre les individus

Facteurs physico chimiques

• La composition de la flore varie selon : pH / humidité / température

• L'humidité permet le développement des bactéries Gram négatif

• Une exposition aux ultra violet peut modifier par une activité bactéricide la composition du microbiote sur les zones exposées

Site anatomique

• On distingue 3 types de régions cutanées au niveau desquelles des espèces différentes prolifèrent

Les zones grasses

• Visage / intérieur des oreilles / arrière du cuir chevelu / haut du torse et du dos

• Prédominance des propionibactéries

Les zones humides

• Intérieur des narines / aisselles / entre les doigts / fosse cubitale / creux poplité / plis inguinaux / sillon inter-fessier / voute planytaire / nombril

• Prédominances des corynebactéries et des staphylocoques

Les zones sèches

• Bras / paumes des mains / fesses

• Flore polymorphe avec prédominance de β-protéobactéries

Facteurs environnementaux

• Le climat, par les variations de température et du degré d'humidité peut modifier le microbiote

Facteurs liés à l'hôte

• Des pathologies sous jacentes comme le diabète, une dénutrition, ou l'utilisation d'antibiotiques peuvent modifier le microbiote

• La profession, le port de certains vêtements également

• L'utilisation de savon de composition diverses et de crème émolliente peut également provoquer une variation .

Rôles du microbiote cutané

Intérêts du Microbiote

• L'interaction hôte-microbiote est bénéfique pour les deux parties . Les germes commensaux ne sont pas pathogène dans des conditions normales (pH , système immunitaire fonctionnel , fonction barrière préservée....)

• Un équilibre s'installe entre flore commensale et flore pathogène. On parle de Symbiose entre la peau et la flore.

• Les modifications de cet équilibre peut provoquer une modification de la composition des bactéries de la peau et/ou une altération du système immunitaire à l'origine de pathologie

Rôle de défense contre les pathogènes

• Les commensaux peuvent sécréter des métabolites toxiques pour inhiber la prolifération des pathogènes.

- Certaines espèces comme S. epidermidis et Corynebacterium spp sont capables d'inhiber la prolifération de S. aureus

- Certaines souches de S. epidermidis sécrètent une enzyme qui peut inhiber la formation d'un biofilm et la colonisation de S.aureus.

Maintient de l'intégrité de la barrière épidermique

• Par un phénomène de saturation, les commensaux vont entrer en compétition pour les nutriments et pour l'espace disponible, limitant ainsi la prolifération des pathogènes.

Microbiote cutanée et pathologie

Dermatoses inflammatoires

• Un déséquilibre du microbiote cutané semble être impliqué de plusieurs dermatoses : acné, dermatite atopique, psoriasis, hidradénite suppurée

Plaies chroniques et microbiote cutané

• Sur les plaies chroniques, les bactéries existent sous forme de bactérie planctoniques (libres) ou sous forme de biofilm.

• Le biofilm est un mode d'organisation et de vie bactérienne très particulier.

• Les études initiales de James ont rapporté que 60% des plaies chroniques étaient colonisées par un biofilm contre 6% seulement pour les plaies aiguës.

Composition du biofilm

• Bactéries d'une ou plusieurs espèces attachées de façon irréversible à une surface

• Englobées dans un matrice de substances extracellulaires polymériques qu'elles fabriquent.

Organisation du biofilm

• La formation du biofilm est sous la dépendance de signaux chimiques entre les bactéries permettant sa formation : on parle du Quorum sensing. Ces signaux permettent

-la production de la matrice

-les interactions synergiques ou antagonistes entre les bactéries

-les changements phénotypiques des bactéries

Conséquences du biofilm

• Une des conséquences essentielle est la résistance aux antibiotiques avec des concentrations minimales inhibitrices (CMI) 100 à 1000 fois supérieure à celles des bactéries planctoniques.

• La résistance aux antibiotiques est multifactorielle

- Présence de la matrice qui serait une barrière physique et/ou chimique à la pénétration des antibiotiques

- Modulation de l'expression des facteurs de virulences

- Résistance des bactéries aux défenses immunitaires de l'hôte.